经中记载，药师佛在行菩萨道时，发十二大愿（又称十二上愿），每愿都为了满众生愿、拔众生苦、医众生病。令诸有情，所求皆得。

经中有云“阿难问救脱菩萨曰：善男子！应云何恭敬供养彼世尊药师琉璃光如来？续命幡灯，复云何造？救脱菩萨言：大德！若有病人，欲脱病苦，当为其人，七日七夜，受持八分斋戒。应以饮食，及余资具，随力所办，供养比丘僧。昼夜六时，礼拜行道，供养彼世尊药师琉璃光如来。读诵此经四十九遍，燃四十九灯；造彼如来形像七躯，一一像前，各置七灯，一一灯量，大如车轮，乃至四十九日，光明不绝。造五色彩幡，长四十九搩手，应放杂类众生，至四十九，可得过度危厄之难，不为诸横恶鬼所持。”